한반도평화연구원은 매년 한반도 평화와 관련한 독자 연구프로젝트를 진행하며, 타기관 의뢰로 연구사업을 수주하여 진행하기도 합니다.
연구사업은 일반적으로 『기획→의견수렴(원내)→의견수렴(확대)→완료→출간』의 순서로 진행됩니다.
2007년 개원 이후 2021년 현재까지 21건의 독자 연구, 6건의 원외수주 연구 과제가 완료되었고, 현재도 연구가 진행중입니다.